舞台は近未来。AIに支配された漆黒の世界――。街は富裕層の暮らす上層階と貧困層の暮らす下層階に分けられていた。下層の人々は、快適な生活を維持する為に垂れ流される、上層階からの汚染物質が生み出す有害な雨の中で生活していた。そんなある時、下層階に、1体の美しいアンドロイド・如月瞳が上層階から落下してくる。彼女は、自分の生みの親である如月博士の実の娘の記憶を移植された感情を持ったアンドロイドであった。
下層階で生まれ育った上層階の新聞記者である早見青児、そして下層階のレジスタンスである浦木一仁、清瀬由紀子、木村龍太たちとの出会いをきっかけに、運命の歯車が回り始めた如月。向かうは世界を支配する感情を持たない新型アンドロイド・ジル。人類最大の危機に、人々を守るために如月が下した衝撃の決意とは――!?